Las comunidades de Pastoral Universitaria son el corazón de la facultad, es decir promueven en cada facultad un ambiente distinto, más cristiano. Para ello, se estructuran como un equipo de trabajo, ya que tienen que ser focos de irradiación del evangelio más que espacios cerrados de formación y espiritualidad.
 
La movilidad de los jóvenes durante la etapa universitaria hace imposible pensar compromisos a largo plazo o sostenerlos en el tiempo. Por esto, la comunidad no puede ser vista como un lugar donde se genere un proceso, ya que esto es muy difícil en la etapa universitaria. Esta mirada nos permite ver la PU como una integridad en su trabajo con las parroquias y movimientos. Estos últimos deben ser, por esencia, el lugar donde los jóvenes reciban una formación por etapa y una inserción en la vida eclesial. Las comunidades persiguen otros objetivos: promover un espacio de diálogo con la cultura y diversas actividades que jalonen la formación científica universitaria con otros contenidos de tono más humanístico y cristiano. Mediante propuestas de diversas actividades (cursos, debates, servicios, etc.) las comunidades motivarían a los universitarios a elegir, dentro de una oferta variada, la actividad que se adapte a sus tiempos e intereses.
 
Por ello es importante concebir las facultades como lugares de apostolado ambiental y las comunidades como herramientas para ello. De allí se desprende que los sujetos destinatarios de la vida de las comunidades son todos los alumnos de la facultad y no sólo aquellos que se reúnen en la comunidad, el objetivo de ésta sería el de motivar, proponer y planificar actividades para realizar en conjunto. Las comunidades se nutrirían de lo que otros espacios eclesiales podrían ofrecer sin pretender agotar toda la acción con jóvenes en edad universitaria. La PUM ofrece,a través de sus comunidades, la oportunidad de un espacio concreto de apostolado a muchos jóvenes de nuestras comunidades parroquiales y movimientos.